Met name aanvragen waarbij emissiearme stalsystemen zijn vergund en/of worden aangevraagd kennen op dit moment lange doorlooptijden, zeker als die emissiearme systemen worden gecombineerd met een welzijnsvriendelijker huisvestingssysteem (de “beter leven concepten”). Bij veel provincies wordt inmiddels bij dit soort aanvragen om een passende beoordeling gevraagd. Het is echter onduidelijk hoe die specifieke passende beoordeling er inhoudelijk uit moet zien aangezien het Rijk daar nog geen richtlijnen voor heeft gegeven. Het Rijk heeft aangegeven dat het eind van dit jaar met een handreiking hiervoor komt.

Provincies gaan ondertussen verschillend om met lopende aanvragen, bij de meeste provincies geeft men echter de tijd om de handreiking op dit punt af te wachten. Dit houdt dus in dat tot die tijd de aanvraag niet behandeld wordt. Aanvragen met dieren die traditioneel gehouden worden, worden wel afgehandeld. In Gelderland worden aanvragen met bepaalde typen luchtwassers waarvan de werking voldoende zeker is, ook afgehandeld.